校章の鷲は真理の光を目ざして力強くはばたく鷲をかたどったもので、その姿は上智の本質と理想とを表わしている。
中央にしるされた文字は、
上智の標語「真理の光」Lux Veritatisの頭文字である。
上智の英語訳のソフィアはギリシャ語のΣΟΦΙΑからとったものであり、その意味は「人を望ましい人間へと高める最上の叡智」である。
この叡智こそ本校が学生に与えようとする究極のものであり、本校の名称“上智”（SOPHIA）にほかならない。